作为经典的测序技术，化学降解法是基于碱基的特异性化学切割，采用不同的化学修饰试剂进行修饰并经主链断裂试剂的取代作用，可以使DNA链发生特异性的断裂。
以硫酸二甲酯作为化学修饰试剂的分子断裂位点为
- A、C和T
- B、C
- C、G和C
- D、G和A
- E、G
以甲酸作为化学修饰试剂的分子断裂位点为
- A、G和C
- B、G
- C、G和A
- D、C和T
- E、C
以肼作为化学修饰试剂的分子断裂位点为
- A、G和A
- B、C和T
- C、C
- D、G和C
- E、G
以肼（高盐）作为化学修饰试剂的分子断裂位点为
- A、G和A
- B、G
- C、C
- D、G和C
- E、C和T
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